北京大学“数学及其应用”教育部重点实验室是作为世界银行贷款“重点学科发展项目”在1989年建立的。1994年成为国家教委重点开放实验室，1995年通过了国家教委世界银行贷款项目专家组对实验室的验收检查，2000年、2005年被准予参加国家实验室评估，分别名列当年数理口第三和第四，2009年、2014年、2020年参加了教育部的评估，被评为优秀，是国内外具有重要影响的数学研究和教育机构。

  根据当代数学的发展特点，世界先进国家的经验和中国社会发展的实际，北京大学“数学及其应用”重点实验室的定位是“集优秀人才，出原创成果，理论研究和应用研究并举，为国家数学事业的发展作出重要贡献”。宗旨是“发展自己，服务全国，力创一流”。目标是广纳天下英才，为全国高校和科研院所培训和输送人才，通过吸引国内外优秀人才，促进整体科研水平的提高，培养出一批具有国际水平的综合性青年人才，促进国内与国际科研团体的交流与合作。

  自实验室成立以来，在国家科技部、教育部和北京大学的领导和大力支持下，北京大学“数学及其应用”实验室根据世界数学发展潮流，瞄准国际一流目标，在科研体制改革、年轻数学家培养、基础理论研究和应用基础研究，学术交流和合作等方面都取得令人高兴的突出成绩。实验室在基础理论研究和应用基础研究方面均具有国内领先的水平，部分研究成果达到了国际先进水平。